招商银行企业银行证书过期的办理流程如下：

1. 提前通知：招商银行会在企业银行证书过期前通过短信、tel等方式提前通知企业客户，提醒其办理证书更新手续。

2. 准备材料：企业客户需要准备相关材料，包括企业营业执照、法人身份证、企业章程、组织机构代码证等。

3. 办理方式：企业客户可以选择线上或线下方式办理企业银行证书的更新。线上办理需要登录招商银行企业网银，按照系统提示进行操作；线下办理则需要前往招商银行柜台，填写申请表格并递交相关材料。

4. 审核和领取：招商银行将对提交的材料进行审核，审核通过后，企业客户可以到招商银行柜台领取新的企业银行证书。

5. 更新证书：企业客户需要将新的企业银行证书与原有的证书进行切换，以确保企业在使用招商银行的企业银行服务时正常操作。

需要注意的是，以上流程仅为一般情况下的办理流程，具体流程可能会因地区、银行政策等因素而有所不同。因此，在实际办理前，建议企业客户与招商银行进行沟通，了解最新的办理流程和要求。