新三板上市公司的股票交易主要通过场外交易系统进行，下面是详细的概述：

1. 交易场所：新三板股票交易在全国中小企业股份转让系统（以下简称“全国股转系统”）进行。该系统是由中国证券登记结算有限责任公司（以下简称“中国结算”）负责运营。

2. 交易方式：新三板股票交易采用委托挂牌交易方式。投资者通过证券经纪机构向全国股转系统提交买卖委托，系统按照买卖双方的价格和数量进行撮合交易。

3. 交易时间：新三板股票交易分为交易日和非交易日。交易日从周一至周五，每天上午9:30至11:30，下午13:30至15:00为交易时间段。非交易日为法定节假日或全国股转系统规定的非交易日。

4. 交易品种：新三板股票交易包括普通股票和股权转让。普通股票交易是指公司股份的买卖，股权转让是指公司部分或全部股权的转让。投资者可以根据自身需求选择合适的交易品种。

5. 交易流程：投资者首先需要开立证券账户，并选择合适的证券经纪机构进行交易。然后，投资者通过经纪机构向全国股转系统提交买卖委托，并支付相关费用。全国股转系统按照委托的价格和数量进行撮合，交易成功后，证券经纪机构向投资者结算资金和股票。

6. 交易费用：新三板股票交易的费用包括交易手续费和结算费用。交易手续费由经纪机构收取，费率一般为成交金额的一定比例。结算费用由中国结算收取，费率一般为成交金额的一定比例。

7. 交易风险：投资者在进行新三板股票交易时需要注意市场风险和投资风险。新三板市场相对于主板市场和创业板市场，市场流动性较差，股价波动较大，投资者需谨慎选择投资标的并合理控制风险。

总之，新三板上市公司的股票交易是通过全国股转系统进行的，投资者通过证券经纪机构进行委托挂牌交易，按照市场规则进行撮合交易。投资者需要注意交易时间、费用以及市场和投资风险。