药店降低利润税的方法主要包括以下几个方面：

1. 合理选择税务筹划方案：药店可以通过合理利用税收政策，选择适合自身的税务筹划方案，如合理安排业务结构、减少税务风险等，从而降低利润税负。

2. 合规遵税：药店应严格依法纳税，合规遵守税收法规，确保所有收入都按照规定纳税，避免出现偷逃税款等行为。

3. 合理抵扣费用：药店可以合理申报各项费用，包括员工薪酬、房租、水电费、采购成本等，以便享受相应的税前扣除，降低纳税基数。

4. 开展合规的税务筹划：药店可以通过合规的税务筹划，如合理开展跨地区经营、合理配置资金、进行合理的跨国投资等，从而合理降低税负。

5. 利用税收优惠政策：药店可以利用国家和地方政府出台的税收优惠政策，如小微企业减免税政策、高新技术企业享受的税收优惠政策等，以减少应纳税额。

6. 加强财务管理：药店应加强财务管理，合理规划资金运作，优化成本结构，提高经营效益，从而间接地降低利润税负。

需要注意的是，药店在降低利润税的同时，也应确保自身的合规性和道德性，遵守国家税收法规，不得采取不合法的手段来偷逃税款。同时，药店可以咨询专业税务机构或税务律师的意见，以确保自身的税务筹划行为合法合规。